Resume

Responsabilities

  • 2021- : Deputy Director of the BKB (Bench to Knowledge and Beyond ) Team, Laboratoire de Recherche en Informatique, LaBRI, Bordeaux, France
  • 2021- : Member of the Conseil du laboratoire LaBRI.
  • 2020-2022 : Member of the CNU, section 65
  • 2021- : Senior Associate Professor (Hors classe, section 65)
  • 2017-2022 : Conseil du Collège des Écoles doctorales de Bordeaux.
  • 2016-2022 : Membre élue du Conseil de l’École doctorale Mathématiques & Informatique (EDMI).
  • 2012- : Supervisor of the second year of the Master of Bioinformatics of Bordeaux
  • 2009-2013 : Deputy Director of the Centre de Bioinformatique de Bordeaux
  • 2011-2014 : Deputy Director of the MaBIOVIS team (Models and algorithms for Bio-informatics and information visualisation), Laboratoire de Recherche en Informatique, LaBRI, Bordeaux, France

    • PHD & Master students

    • 5 phd students in co-directions: Amine Ghozlane (2009-2012), Aaron Ayllon Benitez (2016-2019), Galadriel Brière (2019-2022), Elsa Claude (2021-), Yanis Asloudj (2022-)
    • 11 masters students (from 2008-2022)

    Education

    • 2017 : Habilitation à diriger des recherches, Bordeaux University, France
      Title : Développements bioinformatiques pour la modélisation des réseaux biologiques : « Des réseaux de régulation aux réseaux métaboliques » pdf
    • 2004 : phd in Bioinformatics, Toulouse University, France
      Title : CSP Formalisms and localisatation of structured motifs in genomic text.
      Directors : Dr Christine Gaspin et Dr Thomas Schiex.
    • 1997 : Master in Computer Sciences applied to Life Sciences, UPS / Ecole Nationale Supérieure d'Agronomie, Toulouse, France
    • 1996 : Master in Biochemistry, Faculté des Sciences, Poitiers, France

    Professional Experiences

    • 2022 : University Professor
    • Since september 2007-2022: Associate professor in Bioinformatics at the University of Bordeaux, France.
    • 2005-2007 : Post-Doctorat INRIA, Projet HELIX
      Baobab Team, Dr Marie-France Sagot, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, CNRS, LYON 1, France
    • 2000-2004 : Doctorate in the "Unité de Biométrie et Intelligence Articficielle", Mathematical and informatic Departement of the french national institute for agricultural research (INRA)
    • 1998-2000 : Researcher Assistant
      Team of Jérome Gouzy, Daniel Kahn and Jacques Batut, Laboratoire des Interactions Plantes Microorganismes, INRA Toulouse, France
    • 1996-1998 : Researcher Assistant, Team of Desmond Higgins, University College Cork, Eire.
    • 1994, 7 months : Erasmus Student, Reading, England
      Team of Chris Skidmore Skidmore, University of Reading, Engmand