
Ce paquet construit plusieurs executables.
Il dépend de OpenCV (2.4.x patchée [*] ou 3.x) et libpng.
CMake est utilisée pour la configuration & construction.

/!\ Voir COMPILATION_OPENCV_fr.txt pour les instructions pour OpenCV.


# Compilation
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0) Pré-requis 

Vous devez installer les dépendances suivantes :
g++ cmake zlib libpng

Le plus souvent des paquets pré-compilés existent pour la distribution.
Pour Fedora (19) ou CentOS (6) :
  $> su -c 'yum install gcc-c++ cmake zlib-devel libpng-devel libjpeg-turbo'
Pour Ubuntu :
  $> sudo apt-get install g++ cmake libz-dev libpng-dev libjpeg-dev
Pour Debian
  $> su -c 'apt-get install g++ cmake libz-dev libpng-dev libjpeg-dev'

REMARQUE : CentOS 6.5 ne propose qu'une version pré-compilée assez vieille de CMake.
  Il est préférable d'installer une version récente (au moins 2.8.12.2 par exemple) depuis les sources.

Vous devez aussi installer OpenCV :
- Si votre distribution fournit uniquement OpenCV en version 2.3.x ou 2.4.x, il faut installer une version d'OpenCV 3.X ou une version modifiée/patchée d'OpenCV 2.4.x (cf COMPILATION_OPENCV_fr.txt).
 C'est le cas pour Debian 9.3 et inférieur, CentOS 6.5, Fedora 24 et inférieur, Ubuntu 16.04 et inférieur, ...

- Si votre distribution fournit un paquet binaire OpenCV en version 3.x, celui-ci peut être installé directement via le gestionnaire de paquets.
 C'est le cas pour Fedora 25 et supérieur, Ubuntu 17.10 et supérieur, ...
 Pour Fedora (25 et supérieur)
 $> su -c 'dnf install opencv-devel'
 Pour Ubuntu (17.10 et supérieur)
 $> sudo apt-get install libopencv-dev




1) Compilation du logiciel

Les commandes suivantes permettent de compiler le logiciel.
[On suppose que vous avez décompréssé l'archive et que vous êtes dans son répertoire racine]

$> mkdir build
$> cd build
$> OpenCV_DIR=/usr/local/share/OpenCV cmake .. 
$> make -j 4 
$> cd ..

## Si OpenCV n'est pas installé de façon standard, /usr/local/share/OpenCV dans OpenCV_DIR doit être remplacé par le répertoire où se trouve le fichier OpenCVConfig.cmake.

Il peut aussi être nécessaire d'avoir le chemin vers les bibliothèques OpenCV dans le LD_LIBRARY_PATH. Par exemple : export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH


# Utilisation
--------

[On suppose que vous êtes dans le répertoire racine du paquet]


1) Pour extraire le masque de la plaie

build/src/urgoeye -i 20150817_111537.jpg -s 457,271 -w 304,393 --om 20150817_111537.png --ot 20150817_111537.txt

 Cela va sauver un masque binaire au format PNG, ici 20150817_111537.png, et un fichier ASCII avec les informations géométriques sur la plaie, ici 20150817_111537.txt.


2) Pour caractériser l'intérieur de la plaie avec le maske précédemment extrait

build/src/urgoeye -i 20150817_111537.jpg --im 20150817_111537.png --ot 20150817_111537B.txt --oi 20150817_111537_annot.png

 Cela va sauver une image avec l'intérieur de la plaie en fausses couleurs, ici 20150817_111537_annot.png, et un fichier texte avec les informations complètes sur la plaie, ici 20150817_111537B.txt

3) Pour extraire le masque de la plaie et caractériser l'intérieur de la plaie

On peut faire les deux opérations précédentes en une seule commande :

build/src/urgoeye -i 20150817_111537.jpg -s 457,271 -w 304,393 --om 20150817_111537.png --ot 20150817_111537.txt --oi 20150817_111537_annot.png

