Un répertoire étant un fichier, il est naturel que le nom d'un répertoire puisse apparaître comme une entrée dans un répertoire. Cela conduit à une structure arborescente du système de fichiers.
Les liens transforme l'arbre en graphe. La restriction (faite en Unix) qui interdit de faire des liens physiques sur des i-nodes de répertoires, transforme l'arbre en graphe acyclique. Les graphes cycliques sont problématiques pour les parcours du système de fichiers.
Un attribut compteur de références est mis à 1 lors de la création de l'inode, incrémenté à chaque nouveau lien physique, décrémenté à chaque rm. La destruction de l'inode est effective lorsque le compteur vaut 0.