L'utilisateur confond souvent système d'exploitation et système de fichiers, du fait qu'il en est la partie la plus visible. Le système de fichiers peut être caractérisé par analogie à la mémoire.
| mémoire vive | mémoire de stockage | |
| taille | T | T x 1000 |
| fréquence des accès | important | faible |
| persistance | volatile | permanente |
| accès (en général) | protégé | partagé |
| découpage logique | segments | fichiers |
| découpage physique | cadres | blocs |
Le fichier peut être vu comme la plus petite quantité d'informations qui peut être sauvegardée en mémoire auxiliaire. Le système de fichiers d'un système d'exploitation est chargé de la gestion des fichiers.