Au sein des écosystèmes, les cellules des organismes et microorganismes communiquent en échangeant de nombreux types de molécules, et en particulier des petits ARNs non codant de 18 25 nucléotiques de long, ou micro RNA (miRNA). Les techniques de séquençage à haut débit sont fréquemment utilisées pour identifier ces miRNA dans des mélanges complexes. Les enjeux de ces analyses sont typiquement d’identifier des miRNA dans ces mélanges et en rechercher les origines et cibles potentielles dans les génomes des espèces d’intérêt.
Des travaux précédent nous ont permis de déterminer quels outils et quels paramètres étaient adaptés à ces analyses. Un frein analytique est cependant l’usage de la ligne de commande inadaptée à de nombreux utilisateurs.
L’objectif du projet est de réaliser une interface
graphique permettant d’analyser des données de smRNA-seq en sortie de
séquenceur (séquençage short read Illumina) en sélectionnant les
différents paramètres appropriés en fonction des besoins de l’étude
afin d’identifier les miARN produits dans chaque échantillon et d’en
repérer les spécificités.