Les céréales sont fréquemment contaminées par des champignons filamenteux du genre Fusarium. En outre, les espèces du genre Fusarium sont capables de produire des mycotoxines qui contaminent les grains et perdurer le long de la chaine alimentaire. Afin de prévenir les contaminations, il est essentiel de comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans le dialogue entre les espèces contaminantes des épis. Cette communication est médiée, en particulier, par des petits ARNs (smRNA) non codants d’environ 22 nucléotides de long, ou micro RNA (miRNA). Des expériences de séquençage de ces petits ARNs dans des situations de co-cultures ont été menées pour identifier quels petits ARN sont produits, dans quelles situations de co-cultures, et d’en identifier les origines et cibles potentielles dans les génomes des protagonistes.
L’objectif de projet est d’analyser des données de smRNA-seq en sortie de séquenceur (séquençage short read Illumina ; génomes de référence disponibles) et d’identifier les petits ARN produits dans chaque scénario de co-culture, et d’en repérer les spécificités.
Le choix des
outils sera discuté avec les responsables du projet et le groupe qui
réalisera le code.