Intégration des données de CGH-array et de séquençage pour le diagnostic des maladies rares génétiques. Projets de Programmation 2019

Titre: Intégration des données de CGH-array et de séquençage pour le diagnostic des maladies rares génétiques.

Encadrant : Laetitia Gaston, Virginie Raclet

Contacts : laetitia.gaston@chu-bordeaux.fr

Sujet

Dans le cadre du diagnostic des maladies rares génétiques, comprenant notamment le diagnostic de la déficience intellectuelle, le laboratoire de génétique moléculaire du CHU de Bordeaux réalise des analyses de séquençage de l’exome, en stratégie trio (incluant les parents du patient) ou simplex.

L'analyse des variants ponctuels ou des insertions et délétions de petites tailles permet de caractériser les anomalies responsables de la maladie chez près de 40% de ces patients. Au préalable, une analyse des variations du nombre de copies dans l'ADN est réalisée par CGH-array. Cette technologie permet d'identifier les altérations chromosomiques de taille au moins supérieure à 20kb.

Cependant, la combinaison des données de l’exome et de la CGH-array peut aboutir à des diagnostics supplémentaires, et doit être automatisée. De plus un grand nombre d'algorithmes d'inférence de remaniements chromosomiques à partir des données de séquençage ont été développés. Afin d'augmenter le taux de diagnostic, l’intégration de ces outils doit donc être intégrée à l'analyse des variants ponctuels.

Dans le cadre de ce projet, le groupe d'étudiants devra réaliser un benchmark des outils disponibles pour analyser les variations du nombre de copie afin d'identifier le ou les outils les plus performants à utiliser en diagnostic. Dans ce projet, les variants détectés par CGH-array permettront de valider les variants détectés dans les données de séquençage.

Suite à cette étude un outil intégrant les résultats de variants ponctuels, les résultats de CGH-array et les variants de structure issus de l'analyse par les outils identifiés par le benchmark sera développé. Il permettra ainsi de mettre en correspondance les éventuels variants ponctuels et structuraux modifiant un même gène et pouvant potentiellement expliquer le phénotype du patient. Ces résultats devront être présentés sur une interface intuitive permettant au biologiste de sélectionner les altérations liées au diagnostic ou au contraire les artefacts afin incrémenter une base de données qui facilitera le diagnostic des futures analyses.