Initiation à la Recherche
Travail à réaliser :
Pour ce travail vous devrez rédiger un document d'une dizaine de pages
en anglais.
Dans ce document vous devrez faire un résumé de l'article
en maximum 2 pages, puis rédigez votre propre évaluation du travail
présenté dans l'article en le comparant à ce qui a déjà été fait dans
le domaine (état de l'art/bibliographie) et en présentant vos propres
tests sur le jeu de données de l'article ou un jeu équivalent si il
n'est pas fourni.
Vous pouvez terminer par vos suggestions - motivées soit par une
implémentation personnelle d'une solution, soit par une utilisation
d'outils existants mais avec un paramétrage que vous avez conçu.
Encadrants :
Vous pourrez discuter de votre travail avec l'enseignant ayant proposé
l'article. Il est conseillé de le rencontrer au début de l'analyse de
l'article au moins une fois, puis a mi-parcours et enfin lors de la
remise du document pour éventuellement lui faire une démonstration de
votre travail.
Le nom de l'encadrant sera affiché en italique après le nom de celui
qui est en charge de l'article..
Calendrier :
- Choix de l'article avant le 1er octobre - Envoyer un email à
beurton@labri.fr quand vous avez choisi votre article en précisant
son numéro et son titre.
- Remise du rapport en anglais le 1er décembre - Vous déposerez le
document au secrétariat du Labri (Batiment A30).
Liste des articles :
- An application programming interface for CellNetAnalyzer.
Klamt S and von Kamp A (2011) BioSystems 105: 162-168.
?. M.Beurton-Aimar
- Minimal Cut Sets and the Use of Failure Modes in Metabolic Networks
Sangaalofa T. Clark* and Wynand S. Verwoerd.Metabolites. 2012 Sep;
2(3): 5672013595.
T. Riquelme. M.Beurton-Aimar
- MetaFast: fast reference-free graph-based comparison of shotgun
metagenomic data.
Vladimir I. Ulyantser, Sergey V. Kazakov, Veronika B. Dubinkina, Alexander V. Tyakht and Dmitry G. Alexeev. Oxford Journals
Science & Mathematics Bioinformatics Vol. 32, Issue 18. Pp. 2760-276
Q. Cavaille. J.C. Taveau
- pong: fast analysis and visualization of latent clusters in
population genetic data
Aaron A. Behr1, Katherine
Z. Liu, Gracie Liu-Fang, Priyanka Nakka1,4 and Sohini
Ramachandran1,4. Oxford Journals. Science & Mathematics
Bioinformatics, Vol. 32, Issue 18. Pp. 2817-2823
L. Leauté. J.C. Taveau
- MetalPredator: a web server to predict iron sulfur cluster
binding proteomes
Yana Valasatava, Antonio Rosato Lucia Banci and Claudia
Andreini.
Bioinformatics (2016) 32 (18): 2850-2852
F. Ceril. M.Beurton-Aimar
- Pathogen metadata platform: software for accessing and analyzing
pathogen strain information
Wenling E. Chang, Matthew W. Peterson, Christopher D. Garay and
Tonia Korves. BMC Bioinformatics 2016 17:379
L. Ahmed Zaid. M.Beurton-Aimar
- Large-scale localization of touching somas from 3D images using
density-peak clustering
Shenghua Cheng, Tingwei Quan, Xiaomao Liu and Shaoqun Zeng
BMC Bioinformatics 2016 17:375
K. Jlassi. J.C. Taveau
- Protein secondary structure prediction using a small training
set (compact model) combined with a Complex-valued neural network
approach.
Shamima Rashid, Saras Saraswathi, Andrzej Kloczkowski, Suresh
Sundaram and Andrzej Kolinski. BMC Bioinformatics 2016 17:362
J. Le Coz J.C. Taveau
- CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical
structure of cell populations from single-cell RNA-seq data.
David A. duVerle, Sohiya Yotsukura, Seitaro Nomura, Hiroyuki
Aburatani and Koji Tsuda. BMC Bioinformatics 2016 17:363
B. Baro. M. Beurton-Aimar
- LMAP: Lightweight Multigene Analyses in PAML.
Emanuel Maldonado, Daniela Almeida, Tibisay Escalona, Imran Khan, Vitor Vasconcelos and Agostinho Antunes.
BMC Bioinformatics 2016 17:354
S. Hutinet. M. Beurton-Aimar
- ReactPRED: A tool to predict and analyze biochemical reactions
Tadi Venkata Sivakumar, Varun Giri, Jin Hwan Park, Tae Yong Kim and Anirban Bhaduri.
Oxford Journals
Science & Mathematics
Bioinformatics, 2016, Augst, 1-6,
E. Ledant. M. Beurton-Aimar
- The MetaCyc Database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases
Caspi, R. Billington. R, Ferrer, L. Fulcher. C.A, Keseler. et
al. Nucleic Acids Research 44(1):D471-80.
A. Dahmani. M. Beurton-Aimar
- BioModels linked dataset
Sarala M WimalaratneEmail author, Pierre Grenon, Henning
Hermjakob, Nicolas Le Novère and Camille Laibe. BMC Systems Biology,
2014, 8:91.
F. Lassalle. M. Beurton-Aimar
- Modelling biological processes using workflow and Petri Net
models
Mor Peleg, Iwei Yeh and Russ B. Altman.
Oxford Journals
Science & Mathematics
Bioinformatics
Volume 18, Issue 6
Pp. 825-837.
L. Negrouche. M. Beurton-Aimar
- Simulation of a Petri net-based Model of the Terpenoid
Biosynthesis Pathway.
Aliah Hazmah Hawari and Zeti-Azura Mohamed-Hussein. BMC Bioinformatics201011:83.
E. Pennecot. M. Beurton-Aimar
- An integrated network visualization framework
towards metabolic engineering applications.
Noronha A, Vilaça P, Rocha M., s. BMC Bioinformatics. 2014 Dec
30;15:420.
A. Yahou. P. Thébault
- Kiwi: a tool for integration and visualization
of network topology and gene-set analysis.
Väremo L, Gatto F, Nielsen J., BMC Bioinformatics. 2014 Dec
11;15:408.
K. Kastano. P. Thébault
- MeSH ORA
framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis.
Tsuyuzaki K, Morota G, Ishii M, Nakazato T, Miyazaki S, Nikaido
I. BMC Bioinformatics. 2015 Feb 15;16:45.3
Sapho Aupetit. P. Thébault
- OTO: Ontology Term Organizer.
Huang F, Macklin JA, Cui H, Cole HA, Endara L. BMC
Bioinformatics. 2015 Feb 15;16:47.
J. Estebeteguy. P. Thébault
- MareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates.
Rezvoy C, Charif D, Guéguen L and Marais G, Bioinformatics. 23(16):2188-2189.
A. Petit. P. Thébault
- MONALISA for stochastic
simulations of Petri net models of biochemical systems
Balazki P, Lindauer K, Einloft J, Ackermann J, Koch I. BMC Bioinformatics. 2015
Jul 10;16:215. Erratum in: BMC Bioinformatics.
2015;16:371
A. Larpent. P. Thébault
- A simulation and documentation tool for DNA assembly strategies using python.
Pereira F, Azevedo F, Carvalho Â, Ribeiro GF, Budde MW, Johansson B. Pydna,BMC
Bioinformatics. 2015 May 2;16:142.
F. Bertolo. P. Thébault
- SyntTax: a web server linking synteny to prokaryotic taxonomy.
Oberto J. BMC
Bioinformatics. 2013 Jan 16;14:4.
F. Ndao . P. Thébault
- MyTaxa: an advanced taxonomic
classifier for genomic and metagenomic sequences.
Luo C, Rodriguez-R LM, Konstantinidis KT. Nucleic Acids Res. 2014
Apr;42(8):e73.
F. Lefebvre. P. Thébault
- CopraRNA and IntaRNA: predicting small RNA targets, networks and
interaction domains
Wright PR, Georg J, Mann M, Sorescu DA, Richter AS, Lott S, Kleinkauf R, Hess
WR, Backofen R. Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42(Web Server issue):W119-23.
J. Hardy. P. Thébault
- Towards practical, high-capacity, low-maintenance information storage in synthesized DNA.
Goldman N1, Bertone P, Chen S, Dessimoz C, LeProust EM, Sipos B, Birney E.
Nature. 2013 Feb 7;494(7435):77-80. doi: 10.1038/nature11875. Epub
2013 Jan 23.
R. Anne. J.C. Taveau
- Next-generation digital information storage in DNA.
Church GM, Gao Y, Kosuri S.
Science. 2012 Sep 28;337(6102):1628. Epub 2012 Aug 16.
S. Besse. J.C. Taveau
- Bayesian model for detection and classification of meningioma nuclei in microscopic images.
Wirjadi O, Kim YJ, Stech F, Bonfert L, Wagner M.
J Microsc. 2016 Sep 20. doi: 10.1111/jmi.12471.
A. Souvane. J.C. Taveau
- Software-based measurement of thin filament lengths: an open-source GUI for Distributed Deconvolution analysis of fluorescence images.
Gokhin DS, Fowler VM.
J Microsc. 2016 Sep 19. doi: 10.1111/jmi.12456.
L. Perus. J.C. Taveau
- Structural alignment of protein descriptors - a combinatorial model.
Antczak M, Kasprzak M, Lukasiak P, Blazewicz J.
BMC Bioinformatics. 2016 Sep 17;17:383. doi: 10.1186/s12859-016-1237-9.
D. Coudrin. J.C. Taveau