Ce nouveau projet est collaboratif pour toute la promotion.
Le sujet commun porte sur l'étude des algues vertes (Chlamidomonas) .
Objectifs
Depuis plusieurs années les algues vertes posent un problème majeures
sur les cotes francaises. Ce projet se propose de réaliser un ensemble d'outils
autour de l'étude de cette espèce et de rassembler ces outils sur un site
web afin de les mettre à la disposition de la communauté
scientifique. De nombreuses sources de données sont disponibles sur le
web, elles serviront de base pour vos applications.
Méthode
Vous
constituerez des groupes de 5 à 6 étudiants.
Chaque groupe prendra en charge l'un de ces sujets :
Etude de la génétique de l'espèce.
Groupe :
Etude de protéomique d'éléments de l' espèce.
Groupe :
.
Etude du métabolisme de l'espèce.
Groupe :
Vous devrez concevoir et implémenter un
des services qui permette de réaliser des analyses
bioinformatiques standard. La saisie ou l'importation de fichiers en entrée devront elles aussi proposées.
Une mission de coordination sera indispensable entre les
groupes pour définir et assurer l'intégration de tous les services
dans la même plateforme. Chaque groupe désignera 1 responsable pour
cette tâche.
A l'issue du projet vous devrez réaliser un rapport de 20 à 30 pages
sur votre travail, détaillant l'architecture qui a été conçue et les
outils de gestion de projet que vous aurez utilisés éventuellement. Un
intérêt particulier devra être porté sur l'utilisation de formats,
qu'ils soient existants ou créés spécifiquement pour votre
application.
Contraintes
Le plus souvent le code de nombreuses applications sont disponibles
librement, votre travail consistera à intégrer (plugins, module, mise
en librairie ...) ce code dans votre solution.
Si nécessaire, vous pourrez aussi connecter (réaliser des "pipeline") avec d'autres outils disponibles.
Votre solution devra contenir uniquement des outils - algorithmes ou logiciels - libre de droit.
Dates
Début du projet 9 octobre
Remise du cahier de charges et présentation 16 octobre 14h.
Présentation de l'architecture retenue 6 novembre.