Ce nouveau projet est collaboratif pour toute la promotion.
Le sujet commun porte sur l'étude du nouveau virus MonkeyPox et
de sa prolifération .
Objectifs
Depuis plusieurs mois les organisations internationales sur la santé
alertent sur la possibilité d'une nouvelle épidémie causée par le
virus MonkeyPox. Ce projet se propose de réaliser un ensemble d'outils
autour de l'étude de ce virus et de rassembler ces outils sur un site
web afin de les mettre à la disposition de la communauté
scientifique. Certaines données pour être trouvées sur le site
européen : European Centre for Disease Prevention and Control
Méthode
Vous
constituerez des groupes de 5 à 6 étudiants.
Chaque groupe prendra en charge l'un de ces sujets :
Etude de la génétique de ce virus.
Groupe : Mathieu Arru, Mathilde Dernard, Léo Gillet, Mélissa
Henni, Luna Meyer.
Etude de protéomique d'éléments du virus.
Groupe :Romane Cathelin, Océane Dorémus, Benjamin Gottis,
Louis Montagne, Paul Sastourne.
.
Etude du métabolisme de ce virus.
Groupe : Anaëlle Allain, Léa Chabot, Bluwen Guidoux
D'Halluin, Nicolas Maurice, Louis Texier, Charlene Vernant.
Mise en oeuvre d'études épidémiologiques pour ce virus.
Groupe
:
Vous devrez concevoir et implémenter un
des services qui permette de réaliser des analyses
bioinformatiques standard. La saisie ou l'importation de fichiers en entrée devront elles aussi proposées.
Une mission de coordination sera indispensable entre les
groupes pour définir et assurer l'intégration de tous les services
dans la même plateforme. Chaque groupe désignera 1 responsable pour
cette tâche.
A l'issue du projet vous devrez réaliser un rapport de 20 à 30 pages
sur votre travail, détaillant l'architecture qui a été conçue et les
outils de gestion de projet que vous aurez utilisés éventuellement. Un
intérêt particulier devra être porté sur l'utilisation de formats,
qu'ils soient existants ou créés spécifiquement pour votre
application.
Contraintes
Le plus souvent le code de nombreuses applications sont disponibles
librement, votre travail consistera à intégrer (plugins, module, mise
en librairie ...) ce code dans votre solution.
Si nécessaire, vous pourrez aussi connecter (réaliser des "pipeline") avec d'autres outils disponibles.
Votre solution devra contenir uniquement des outils - algorithmes ou logiciels - libre de droit.
Dates
Début du projet 19 septembre
Remise du cahier de charges et présentation 10 octobre 14h.
Présentation de l'architecture retenue 7 novembre.