Ce nouveau projet est collaboratif pour toute la promotion.
Le sujet commun porte sur la modèlisation d'écosystème .
Objectifs
Cet écosystème comprend à la fois des animaux et des plantes - Pour la
partie simulation, un ensemble d'espèces représentatives du projet
"les sentinelles du climat" seront incluses dans la simulation. Pour
les autres parties, on choisira d'étudier une des espèces de milieux
humides citées sur ce site : https://www.sentinelles-climat.org/milieu/zones-humides/ pour laquelle il existe
des informations substancielles.
Pour cela vous utiliserez les
plateformes internationales librement accessibles.
Méthode
Vous
constituerez des groupes de 5 à 6 étudiants.
Chaque groupe prendra en charge l'un de ces sujets :
Simulation de l'écosystème sous forme de jeu interactif.
NGS et arbre phylogénétique.
Protéome et prédiction de structures 2D.
Vous devrez concevoir et implémenter un
des services qui permette de réaliser des analyses
bioinformatiques standard. La saisie ou l'importation de fichiers en entrée devront elles aussi proposées.
Une mission de coordination sera indispensable entre les
groupes pour définir et assurer l'intégration de tous les services
dans la même plateforme. Chaque groupe désignera 1 responsable pour
cette tâche.
A l'issue du projet vous devrez réaliser un rapport de 20 à 30 pages
sur votre travail, détaillant l'architecture qui a été conçue et les
outils de gestion de projet que vous aurez utilisés éventuellement. Un
intérêt particulier devra être porté sur l'utilisation de formats,
qu'ils soient existants ou créés spécifiquement pour votre
application.
Contraintes
Le plus souvent le code de nombreuses applications sont disponibles
librement, votre travail consistera à intégrer (plugins, module, mise
en librairie ...) ce code dans votre solution.
Si nécessaire, vous pourrez aussi connecter (réaliser des "pipeline") avec d'autres outils disponibles.
Votre solution devra contenir uniquement des outils - algorithmes ou logiciels - libre de droit.
Dates
Début du projet 7 octobre
Remise du cahier de charges 15 octobre 14h.
Présentation du cahier de charges 19 octobre.
Présentation de l'architecture retenue 9 novembre.