Ce nouveau projet est collaboratif pour toute la promotion.
Le sujet commun porte sur Mus Musculus .
Objectifs
Créer un web service dédié à cette espèce qui rassemble tous
les domaines d'analyses bioinformatiques rencontrées dans les
plateformes internationales.
Méthode
Vous
constituerez des groupes de 5 à 6 étudiants.
Chaque groupe prendra en charge l'un de ces sujets :
Annotation du génome - visualisation, ajout, corrections, management
du service web ...
Reconstruction - analyse du réseau métabolique.
Visualisation de réseaux d'interactions géniques et
éventuellement connexion aux réseaux protéiques.
Visualisation des protéines (3D) - modélisation d'interactions
protéines/protéines.
Vous devrez concevoir et implémenter un
des services qui permette de réaliser des analyses
bioinformatiques standard. La saisie ou l'importation de fichiers en entrée devront elles aussi proposées.
Une mission de coordination sera indispensable entre les
groupes pour définir et assurer l'intégration de tous les services
dans la même plateforme. Chaque groupe désignera 1 responsable pour
cette tâche.
A l'issue du projet vous devrez réaliser un rapport de 20 à 30 pages
sur votre travail, détaillant l'architecture qui a été conçue et les
outils de gestion de projet que vous aurez utilisés éventuellement. Un
intérêt particulier devra être porté sur l'utilisation de formats,
qu'ils soient existants ou créés spécifiquement pour votre
application.
Contraintes
Le plus souvent le code de nombreuses applications sont disponibles
librement, votre travail consistera à intégrer (plugins, module, mise
en librairie ...) ce code dans votre solution.
Si nécessaire, vous pourrez aussi connecter (réaliser des "pipeline") avec d'autres outils disponibles.
Votre solution devra contenir uniquement des outils - algorithmes ou logiciels - libre de droit.
Dates
Début du projet 5 novembre
Présentation du cahier de charges 26 novembre
Présentation de l'architecture retenue 3 décembre.