Programme du Cours Perl
Master de Bioinformatique 2005-2006

(remanié suite aux mouvements de grève)


Dernière modification : vendredi 2 juin 2006

Résumé du contenu (30 heures de TD)
Une partie introductive : Ballade à travers Perl avec deux exemples bioinformatiques concrets.
Expressions régulières : introduction ou/et rappels.
Puis ensuite : Retour en profondeur sur les différentes notions.
Traitements d'exemples concrets en TD et en projet.
Module BioPerl.
Evaluation : 1 mini projet pendant 1 séance.
1 évaluation en temps limité à la fin.


Les archives : sous linux, désarchiver avec unzip et rendre les .pl exécutables (chmod +x *.pl)
 

Semaine Séance 1 (3h) Séance 2 (3h) Séance 3 (3h)
3 avril
(1)
Jeudi 6 avril

Partie 1

Diaporama introduction
Perl.pdf

Ballade à travers Perl
-
motif.pl (var, boucle, tableau)
+ exo avec index
- blast.pl (lecture fichier, expressions régulières, table de hachage)
+ exo corriger le programme

Sources : archive / consultation

10 avril
(2)
Lundi 10 avril

Partie 2

Expressions régulières
- les bases
- les exemples MIPS

Analyses simples d'un fichier
- exercice1 : lecture fichier et expressions régulières
- exercice 2 : idem avec d'autres contraintes

Feuille d'exercices : Ps
Sources : archive / consultation
Solutions : archive / consultation

Jeudi 13 avril

Partie 3

Listes et tableaux

Feuille d'exercices : Ps
Solutions : archive / consultation

Vendredi 7 avril

Partie 4

Tableaux associatifs (ou hachages)

Feuille d'exercices : Ps
Solutions : archive / consultation

(+ début Partie 5 à priori)

17 avril Vacances de Pâques
24 avril
(3)
Lundi 24 avril

Partie 5

Gestion de fichiers

Feuille d'exercices : Ps
Sources : archive / consultation
Solutions :
archive / consultation

Jeudi 27 avril

Partie 6

Compléments sur l'extraction et
la transformation de données

Feuille d'exercices : Ps
Sources : archive / consultation
Solutions :
archive / consultation

1er mai
(4)
Jeudi 4 mai

Mini Projet
(réalisé seuls en 3h)

Sujet : Ps
Sources : archive / consultation

 
8 mai
(5)
Jeudi 11 mai

Partie 7

Correction Mini Projet
Solutions : archive / consultation

Fonctions et arguments

Feuille d'exercices : Ps
Sources : archive / consultation
Solutions : archive / consultation

 
15 mai
(6)
Lundi 15 mai

Partie 8

BioPerl (introduction)

Feuille d'exercices : Ps
Sources : archive / consultation
Fics data :
archive / consultation
Solutions :
archive / consultation

Vendredi 19 mai

Evaluation
(2h30)

Sujet : Ps
Sources : archive / consultation
Solutions : archive / consultation


Quelques liens utiles :

Perl :

BioPerl : (ensemble de modules Perl spécifiques pour la bioinformatique)


Isabelle Dutour